Ресурсы по AWS HealthOmics
Документация
-
Руководство пользователя
Данное пошаговое руководство для разработчиков поможет понять, как пользоваться AWS HealthOmics.
-
Справка по API
Ознакомьтесь с этим справочным руководством по API и параметрам AWS HealthOmics.
Учебные пособия
-
Всеобъемлющий семинар по HealthOmics
Начните работу с рабочими процессами и хранилищем HealthOmics
-
Учебные пособия по HealthOmics
Репозиторий с открытым исходным кодом на GitHub с примерами кода, демонстрирующего, как хранить, обрабатывать и запрашивать наборы геномных и биологических данных с помощью AWS HealthOmics
Инструменты
Инструменты рабочего процесса
Рабочие процессы разработки лекарств
Используйте эту коллекцию рабочих процессов AWS HealthOmics для ускорения разработки лекарственных препаратов
Примеры рабочих процессов
Создавайте частные рабочие процессы на основе примеров рабочих процессов HealthOmics с открытым исходным кодом
Запускаемый анализатор
Запускаемый анализатор – это инструмент для оптимизации производительности выполнения, который извлекает журналы манифестов запуска из CloudWatch и генерирует статистику выполнения, включая использование процессора и памяти для каждой задачи рабочего процесса
WDL Linter
Используйте WDL Linter HealthOmics, чтобы выявлять распространенные ошибки рабочих процессов перед их запуском
Nextflow Linter
Lint предназначен, чтобы выявлять распространенные ошибки Nextflow перед запуском сценария рабочего процесса
Помощник ECR
Перенесите существующие контейнеры в свой частный репозиторий ECR, используя вспомогательный инструмент ECR
Инструмент повторного запуска
Повторно запустите архивные запуски из журналов манифестов запуска CloudWatch
Инструменты для хранения данных
Диспетчер передачи данных Read Set
Легко загружайте файлы из справочника AWS HealthOmics или набора для чтения
Импортер, ориентированный на события
Приложение CDK демонстрирует управляемую событиями архитектуру, которая автоматизирует импорт данных в хранилища последовательностей AWS HealthOmics при создании объектов в Amazon S3.
Генератор манифестов хранилища последовательностей
Создает манифест json для заданий импорта хранилища последовательностей AWS HealthOmics
Поиск дубликатов наборов для чтения в хранилище последовательностей
Определяет повторяющиеся наборы данных для чтения, находящиеся в хранилищах последовательностей AWS HealthOmics
Решения
-
Руководство по созданию сетки лабораторных данных на AWS
В этом руководстве показано, как создать систему управления научными данными, объединяющую сведения лабораторных приборов и программные системы, такие как электронные лабораторные записные книжки (ELN) и системы управления лабораторной информацией (LIMS), при помощи HealthOmics.
-
Руководство для лаборатории, использующей цифровые технологии на AWS
Это руководство поможет вам подключить медико-биологические данные, приборы и лабораторные системные файлы к облаку AWS через Интернет или прямое соединение с низкой задержкой.
-
Руководство по миграции и хранению данных последовательностей с помощью AWS HealthOmics
В этом руководстве показано, как импортировать данные последовательностей omics из простого сервиса хранения данных Amazon (Amazon S3) в хранилище AWS HealthOmics.
-
Руководство по анализу мультимодальных медицинских данных с помощью сервисов машинного обучения (ML) и Работоспособности AWS
В этом руководстве показано, как создать комплексную платформу для анализа мультимодальных данных в сфере здравоохранения и медико-биологических наук (HCLS).
-
Руководство по рабочим процессам биоинформатики на AWS
В этом руководстве показано, как создавать и запускать рабочие процессы в области биоинформатики производственного уровня в нужном масштабе, а также использовать сервисы AWS для автоматизации, анализа рабочих процессов, хранения данных, наблюдаемости эксплуатации и затрат.
-
Руководство по анализу мультимодальных медицинских данных с помощью сервисов машинного обучения и Работоспособности AWS
В этом руководстве показано, как создать комплексную платформу для анализа мультимодальных данных в сфере здравоохранения и медико-биологических наук (HCLS).
Новые возможности
AWS HealthOmics теперь поддерживает определение версий DSL и Nextflow
13.08.2024
AWS HealthOmics теперь поддерживает динамическое хранилище запусков для частных рабочих процессов
30.04.2024
AWS HealthOmics теперь предоставляет дополнительную информацию о выполнении рабочих процессов
23.02.24
AWS HealthOmics теперь поддерживает рабочий процесс Ultima Genomics DeepVariant Ready2Run
05.02.24
AWS HealthOmics теперь доступен в регионе Израиль (Тель-Авив)
26.09.23
AWS HealthOmics теперь обеспечивает выполнение рабочих процессов, архивирование и хранение
30.08.23
AWS HealthOmics теперь поддерживает управление версиями хранилищ аннотаций
15.08.23
AWS HealthOmics поддерживает совместное использование хранилищ Аналитики Omics между аккаунтами
15.08.2023
Публикации в блоге
Революция генеративной биологии с помощью AWS и EvolutionaryScale
25.06.2024
Получите ценную информацию о геноме с помощью аналитики AWS HealthOmics и Amazon EMR
30.05.2024
Масштабная оркестрация нескольких рабочих процессов AWS HealthOmics
07.05.2024
Демократизируйте анализ данных Omics с помощью Basepair на AWS HealthOmics
29.04.2024
Экономичное хранение омических данных в любом масштабе с помощью AWS HealthOmics
24.01.24
Предварительная обработка данных fMRI на AWS с использованием AFNI и AWS HealthOmics
08.01.24
Новые инструменты для ускорения миграции рабочих процессов в AWS HealthOmics
13.12.23
Мультимодальный анализ данных с помощью сервисов Работоспособности AWS и машинного обучения
16.10.23
Защитите свои геномные рабочие процессы и данные с помощью AWS HealthOmics
09.10.2023
Видео
Overcoming the Scientific and IT Challenges Associated with Scaling Omics Analysis (22:11)
Revolutionizing precision medicine: Sonrai uses AWS for drug discovery (3:03)
AWS re:Invent 2023 – инновации Omics с помощью AWS HealthOmics: путь компании Amgen к более быстрым результатам
AWS re:Invent 2023 – Building a precision medicine platform using AWS HealthOmics
Семинар AWS HealthOmics End to End – Презентация (43:27)
AWS On Air ft. AWS HealthOmics & Open Data (20:07)
Using AWS HealthOmics for Genomics End-to-End (2:03:06)
AWS On Air ft. Ready2Run Workflows on AWS HealthOmics (26:34)