Recursos do AWS HealthOmics
Documentação
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Guia do usuário
Aprenda a usar o AWS HealthOmics neste guia do desenvolvedor detalhado.
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Referência de API
Leia este guia de referência para APIs e parâmetros do AWS HealthOmics.
Tutoriais
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Workshop de ponta a ponta da HealthOmics
Comece com fluxos de trabalho e armazenamento da HealthOmics
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Tutoriais HealthOmics
Repositório de código aberto no GitHub com código de exemplo que demonstra como armazenar, processar e consultar conjuntos de dados genômicos e biológicos através do AWS HealthOmics
Ferramentas
Ferramentas de fluxo de trabalho
Fluxos de trabalho de descoberta de medicamentos
Use esta coleção de fluxos de trabalho do AWS HealthOmics para acelerar a descoberta de medicamentos
Exemplos de fluxos de trabalho
Crie fluxos de trabalho privados com base em exemplos de fluxo de trabalho de código aberto da HealthOmics
Run Analyzer
O Run Analyzer é uma ferramenta de otimização de desempenho de execução que recupera logs de manifestos de execução do CloudWatch e gera estatísticas para uma execução, incluindo a utilização da CPU e da memória para cada tarefa do fluxo de trabalho
Linter WDL
Use o linter HealthOmics WDL para detectar erros comuns de fluxo de trabalho antes de executar fluxos de trabalho
Linter Nextflow
Lint para erros comuns do Nextflow antes da execução de um script de fluxo de trabalho
Auxiliar de ECR
Migre os contêineres existentes para seu repositório ECR privado usando a ferramenta auxiliar ECR
Ferramenta de reexecução
Realize novamente execuções arquivadas a partir dos logs de manifesto de execução do CloudWatch
Ferramentas de armazenamento de dados
Gerenciador de transferência de conjuntos de leitura
Baixe facilmente arquivos de uma referência ou conjunto de leitura do AWS HealthOmics
Importador orientado por eventos
Aplicativo CDK que demonstra uma arquitetura orientada por eventos e automatiza a importação de dados para os armazenamentos de sequências do AWS HealthOmics quando objetos são criados no Amazon S3.
Gerador de manifestos do Sequence Store
Gera um manifesto json para trabalhos de importação da loja de sequências do AWS HealthOmics
Localizador de conjuntos de leitura duplicados do Sequence Store
Identifica conjuntos de leitura duplicados em armazenamentos de sequências do AWS Healthomics
Soluções
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Orientação para um data mesh de laboratório na AWS
Esta orientação demonstra como construir um sistema de gerenciamento de dados científicos que integre dados de instrumentos de laboratório e sistemas de software, como cadernos eletrônicos de laboratório (ELNs) e sistemas de gerenciamento de informações de laboratório (LIMS), com HealthOmics.
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Orientação para laboratórios digitais conectados na AWS
Esta orientação ajuda você a conectar instrumentos de dados de ciências biológicas e arquivos de sistemas de laboratório à Nuvem AWS, seja pela Internet ou por uma conexão direta com baixa latência.
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Orientação para migração e armazenamento de dados de sequência com o AWS HealthOmics
Esta orientação demonstra como importar dados de sequência ômica do Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) para o AWS HealthOmics Storage.
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Orientação para análise de dados multimodais com os serviços AWS Health e ML
Esta orientação demonstra como configurar um framework completo para analisar dados multimodais de saúde e ciências biológicas (HCLS).
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Orientação para fluxos de trabalho de bioinformática na AWS
Esta orientação mostra como criar e executar fluxos de trabalho de bioinformática de nível de produção em grande escala e usar os serviços da AWS para automação, análise de fluxo de trabalho, armazenamento e observabilidade operacional e de custos.
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Orientação para análise de dados multimodais com os serviços AWS Health e ML
Esta orientação demonstra como configurar um framework completo para analisar dados multimodais de saúde e ciências biológicas (HCLS).
Novidades
AWS HealthOmics now supports DSL and Nextflow version detection
13/8/24
O AWS HealthOmics agora fornece informações adicionais para execuções de fluxos de trabalho
23/02/24
AWS HealthOmics agora oferece suporte ao fluxo de trabalho Ultima Genomics DeepVariant Ready2Run
02/05/24
Agora, o AWS HealthOmics está disponível na região Israel (Tel Aviv)
26/09/23
AWS HealthOmics agora fornece arquivamento e retenção da execução de fluxos de trabalho
30/08/23
AWS HealthOmics já oferece suporte ao versionamento de repositórios de anotações
15/08/23
AWS HealthOmics oferece suporte ao compartilhamento entre contas de lojas de análise ômica
15/8/23
Publicações de blog
Revolucionando a biologia generativa com a AWS e a EvolutionaryScale
25/06/2024
Como a Takeda Pharmaceuticals acelera a bioinformática em grande escala com o AWS HealthOmics
19/06/2024
Obtenha insights genômicos poderosos com o AWS HealthOmics Analytics e o Amazon EMR
30/05/2024
Orquestração de vários fluxos de trabalho do AWS HealthOmics em escala
07/05/2024
Democratize a análise de dados ômicos com o Basepair no AWS HealthOmics
29/04/2024
Armazene dados ômicos de forma econômica em qualquer escala com o AWS HealthOmics
24/01/24
fMRI Data Preprocessing on AWS using AFNI and AWS HealthOmics
01/08/24
New Tools to Accelerate Workflow Migrations to AWS HealthOmics
13/12/23
Multimodal Data Analysis with AWS Health and Machine Learning Services
16/10/23
Secure Your Genomic Workflows and Data with AWS HealthOmics
09/10/23
Vídeos
Superando os desafios científicos e de TI associados à escalabilidade da análise de dados ômicos (22:11)
Revolucionando a medicina de precisão: Sonrai usa a AWS para descobrir medicamentos (3:03)
AWS re:Invent 2023 — Inovação da Omics com a AWS HealthOmics: o caminho da Amgen para resultados mais rápidos
AWS re:Invent 2023 — Criação de uma plataforma de medicina de precisão usando o AWS HealthOmics
AWS HealthOmics End to End Workshop - Presentation (43:27)
AWS On Air ft. AWS HealthOmics & Open Data (20:07)
Using AWS HealthOmics for Genomics End-to-End (2:03:06)
AWS On Air ft. Ready2Run Workflows on AWS HealthOmics (26:34)